Zaječarska inicijativa je osnovana 4. aprila 2001. godine u Zaječaru. Njeni osnivači su želeli da stvore organizaciju koja bi se kroz mobilisanje lokalnih zajednica bavila nagomilanim problemima ne samo u Zaječaru, već u Timočkoj krajini uopšte.

Svoje prve aktivnosti, Zaječarska inicijativa je realizovala kao lokalni partner Odbora za građansku inicijativu (OGI) iz Niša, sa kojim i danas aktivno sarađuje. U pitanju su bili sledeći projekti: Kampanje za sistemske reforme u Srbiji (USAID/DTI, 2002), Pitanje krivice i odgovor odgovornosti (Fond za otvoreno društvo, 2002), Politika od A do Š (Olof Palme International Center, 2003), Jačanje nevladinog sektora u južnoj i istočnoj Srbiji (Evropska komisija, 2002 – 2004). Kao partner nevladinih organizacija Fraktal i Centar za slobodno tržište, Zaječarska inicijativa je 2002. godine učestvovla u implementaciji projekta „Tranzicija započinje u nama“.

Već 2004. godine, Zaječarska inicijativa započinje implementaciju projekta „Resurs centar Zaječar“, finansiranog od strane Evropske unije, preko Evropske agencije za rekonstruciju (program „Podrška civilnom društvu u Srbiji“). Delujući kao centar podrške nevladinim organizacijama iz Zaječarskog okruga (opštine Zaječar, Boljevac, Knjaževac i Sokobanja), Zaječarska inicijativa se trudila da distribucijom relevantih informacija, organizovanjem treninga, pružanjem savetodavnih usluga i ustupanjem svojih tehničkih kapaciteta osnaži postojeće organizacije, odnosno pomogne neformalnim grupama. Tako je Zaječarska inicijativa, tokom realizacije projekta,  pomogla osnivanje preko 20 novih organizacija. Nakon formalnog završetka projekta, Zaječarska inicijativa je nastavila da funkcioniše kao resursni centar, čvrsto verujući da je upravo ovakva vrsta podrške neophodna za dalji razvoj civilnog društva.

Danas je Zaječarska inicijativa uglavnom fokusirana na mlade ljude kao ciljnu grupu. Tokom 2006 / 2007. godine, Zaječarska inicijativa je realizovala projekte „Jačanje omladinskog aktivizma u Timočkoj krajini“ (Komisija za demokratiju ambasade SAD) i  „Omladinski resurs centar: Kome treba omladinska politika?“ (Nacionalna zadužbina za demokratiju), koji su bili usmerni ka mladim ljudima. Kao rezultat ovih aktivnosti, tokom 2007. godine u opštinama Negotin, Boljevac i Majdanpek, usvojene su prve lokalne politike prema mladima u istočnoj Srbiji. Počev od 2007. godine, Zaječarska inicijativa pod pokroviteljstvom Nacionalne zadužbine za demokratiju realizuje program malih donacija Iskorak, koji je namenjen omladinskim organizacijama iz Timočke krajine. Iste godine, Zaječarska inicijativa, kao Jedinica za praćenje i podršku, otpočinje saradnju sa Ministarstvom omladine i sporta.